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21世紀の初め、キラアク星人の侵略を退けた人類は、彼らから 得た怪獣コントロール装置により怪獣の制御をより完璧にすることに成功した。
国連政府から怪獣ランドの管理をまかされた日本政府は、怪獣島を中心に怪獣たちの餌の繁殖のための小笠原海洋牧場までを含めた一大テーマパークの可能性を探っていた。 そんなある日、怪獣島の主任補佐、真田はゲストとして招待された少年達の質問責めにくさっていた。 「何が『主任補佐』だよ。これじゃ鳩バスのバスガールじゃないか！」 その彼の目前でアンギラスがエリア外へコントロールを無視して出ようとする。 慌てる真田。 辛くもアンギラスは最終コントロール・ライン手前で引き返した。 しかしも同様の事件が頻発し始める。 技術班の金城の調査によりキラアク星人の怪獣コントロール装置そのものが怪獣たちの細胞変異を起こし、いずれはコントロールそのものが不能になる事態が予言される。 大至急都内では対策会議が開かれることになった。 主人公はコントロール装置の改良（強化型コントロール）によって現状維持を訴えるが、防衛隊の若き士官、中島少佐は頑強に怪獣島爆破を主張するのだった。 「なぜ怪獣たちを一同に集める『怪獣島計画』が実行されたと思う？ 制御しきれなければまとめて抹殺する別計画と同時進行だったのだよ！」 真田は会場に押し掛ける自然保護団体の中にいた巫女姿の少女と出会う。 巫女は阿須美（あずみ）と名乗った。 彼女はあの地にはその昔京の都を追われた獣王が結界で封印されており、怪獣島を爆破すればその獣王が再び目覚めるだろうと予言する。 もちろん真田は阿須美の話を鼻にもかけなかった。 「こちとらやたらとぶっ飛ばしたがりの軍の連中のお相手で手一杯なんだ。 おとぎ話はみんな片づいてからにしてくれないか？」 「それからでは遅いのです。なぜ信じてくれないのですか？！」
そうしている間に怪獣島爆破は正式に決定。
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